Hyvinvointia voidaan jalostuksen keinoin edistää tai heikentää
Keinotekoinen lisääntymisvalinta tuottaa jälkeläisille toivottujen ominaisuuksien lisäksi sivutuotteena usein myös ei-toivottuja ominaisuuksia. Tuotantoeläimillä on jalostettu pääasiassa tuotantokykyä. Tavoitteena on ollut ja on edelleen eläinyksilö, joka tuottaa enemmän lihaa, maitoa, munia ja jälkeläisiä mahdollisimman nopeassa ajassa ja tehokkaalla hyötysuhteella. Yksipuolinen tuotoksen valinta on tuonut mukanaan terveysongelmia: esimerkiksi lihasiipikarjalintujen nopea lihasten kasvu on heikentänyt niiden terveyttä.
Lemmikkieläimillä jalostusvalinnan painottuminen ulkonäköominaisuuksiin on niin ikään huonontanut joidenkin koirarotujen terveyttä: esimerkiksi voimakas kallon muotoon kohdistuva valinta on saanut aikaan vakavia terveysongelmia tietyillä roduilla. Jalostusohjelmiin on monien tuotantoeläinten kohdalla nykyään otettu tuotoksen ohella myös eläimen hyvinvointia painottavia ominaisuuksia.