Välbefinnandet kan förbättras eller försämras med hjälp av förädling
Utöver de önskvärda egenskaperna ger artificiellt reproduktivt urval ofta oönskade egenskaper som en biprodukt hos avkomman. Hos produktionsdjur har förädlingen fokuserat främst på produktionsförmåga. Målet har varit, och är fortfarande, att få fram djurindivider som producerar mer kött, mjölk, ägg och avkommor på kortast möjliga tid och med högsta möjliga effektivitet. Ensidigt urval för produktion har medfört hälsoproblem: till exempel har snabb muskeltillväxt hos köttfåglar försvagat deras hälsa.
För sällskapsdjur har förädling med fokus på utseendemässiga egenskaper lett till hälsoproblem hos vissa hundraser: till exempel har ett starkt fokus på skallens form orsakat allvarliga hälsoproblem hos vissa raser. Förädlingsprogram för många lantbruksdjur omfattar numera inte bara produktionsegenskaper utan även välfärdsegenskaper.